内丹学源于先民的氏族原始宗教巫史文化，是神仙家将自占流传的王子乔、赤松子的行气术，彭祖、容成公、玄女、素女的房中术，羡门高、安期生的服食术相互融汇升华而成的。《楚辞·远游篇》可以看作早期的内丹学文献，其中透漏了王乔功法可以激发人体先天真气的信息。在内丹学中，先天真乙之气写作“炁”，以同后天的呼吸之气相区别，能否激发先天的精、气、神，是内丹学同一般行气之术(气功)的分界线。
　　先秦时期的《老子》和《庄子》是为内丹学的理论和功法奠定基础的著作。老庄学派的思想体系和“道”、“虚”、“静”、“无”等范畴，精气神等概念不仅为内丹学所沿用；而且其中“致虚极，守静笃”，凝神、守一、坐忘、心斋等修持工夫也被汲取为内丹法诀；老庄倡导的圣人、真人、仙人的境界更是成了内丹家遵循的行为模式和理想的目标。老庄之学为后世清修派和阴阳派内丹家所宗，老庄书中有关炼养的名句一直是内丹法诀的纲要。
　　先秦著名的《黄帝内经》和《黄帝阴符经》，其中也隐含有内丹法诀，今人尚少鉴别。历史资料证明，秦汉方仙道已秘传内丹修炼之术，这也可在《太平经》、《老子想尔注》等道书中找到踪迹。
　　东汉魏伯阳著的《周易参同契》，是第一部专门论述内丹法诀的仙学著作。《参同契》以周易象数学的卦爻作符号，以日月运行的规律作理论框架，以外丹炉火的铅汞反应作模型，来论述阴阳交感男女合暴的秘术。《参同契》之学认为炉火烧炼的地元丹法与阴阳栽接的人元丹法和清净孤修的天元丹法是相通的，可以统一在《参同契》的体系之中。《参同契》将男女双修的阴阳派丹法秘诀用隐语记载下来，贯通清修丹法和外丹炉火，被后世丹家尊为“万古丹经王”。《参同契》的传世，标志着内丹学的形成。
　　魏晋时传世的《黄庭经》和葛洪的《抱朴子内篇》，都隐藏有内丹法诀。《黄庭经》已开始将内丹称作“子丹”、“玄丹”，重点研习了存神、意守三丹田、内视、调息为主的清修丹法。《黄庭外景经》强调了头部泥丸官在炼神功夫中的作用。其中“中有真人巾金巾，负甲持符开七门，此非枝叶实是根，昼夜思之可长存”，和瑜伽术修七轮功夫暗合，为中黄直透丹法。《抱朴子内篇》中亦隐有两段丹诀，一为《微旨》篇中的“真人守身炼形之术”，属清修丹法；一为《微旨》篇中的“二山求生之道”，属阴阳丹法。
　　隋唐时期，《周易参同契》在社会上公开传布，促进了内丹学的发展。据《罗浮山志》载，青霞子苏元朗于隋开皇中来居罗浮，归神丹于心炼，“自此道徒始知内丹矣”。唐代丹家以张果与司马承祯对内丹学之发展贡献最著。
　　自唐末、五代至北宋初年，内丹学突放异彩，在道教修炼方术中占据统治地位。著名内丹家崔希范、钟离权、吕洞宾、陈抟、刘操、施肩吾、陈朴、谭峭等高道以内丹学传功度人，使内丹功法趋于成熟和完善。崔希范所著《崔公入药镜》歌诀，为历代丹家推崇，实是阴阳双修秘诀。钟离权和吕洞宾之事迹被后世道士神化，各派丹家多认钟、吕为开山祖师。内丹学的历史，舍钟、吕则无从谈起。施肩吾为吕洞宾弟子，撰《钟吕传道集》和《西山众仙会真记》，述钟、吕丹法，对后世影响甚大。另有《灵宝毕法》、《仗破迷正道歌》等，皆题名钟、吕所作。其中，相传吕洞宾所著《敲爻歌》，为阴阳双修功夫法诀。钟吕丹法为性命双修、形神并炼的人体系统工程，以凝结精、气、神为基本功，以摄取先天一炁为要诀，次第分明，步步有验，吸引了不少修道者终生去从事这项人体实验。传说，钟离权得丹诀传吕洞宾、陈朴等人，吕洞宾之徒又有刘操(海蟾真人)、麻衣道者、施肩吾、何昌一、张中孚等。陈朴著有《陈先生内丹诀》，收入《道藏》，其法诀直指玄关，九转成功。吕洞宾之徒刘海蟾又传张伯端、曹迥、马自然、蓝元道、王庭扬、张继先等，为内丹大师。内丹学史上的关键人物，还有著名道教学者陈抟。陈抟字图南，自号扶摇子，赐号“希夷先生”，得麻衣道者所传钟、吕丹法，又从何昌一学锁鼻术，隐居华山。陈抟之学传种放、张无梦、火龙真人等，谭峭亦与陈抟相师友。陈抟著《指玄篇》并传《无极图》，奠定了“顺则生人，逆则成丹”的还丹原理和“炼精化炁，炼暴化神，炼神还虚”的基本步骤。陈抟又传“蛰龙法”，后世各派丹法俱受陈抟影响。
　　宋代以来，内丹学在发展中产生出许多流派，功法逐步达到炉火纯青的境界。要之，成熟的内丹学，由吕洞宾、陈抟、刘操传开，而后又有天元、地元、人元之分，门派有南、北、中、东、西之传。天元丹法，后世一般指北宗龙门派的清修功夫，但传统上将服食后可立地飞升的外丹称天元神丹。人元丹法，后世一般指南宗男女栽接的阴阳双修功夫，但也有人将南北宗性命双修的丹法统称为人元大丹者。地元丹法，一般指外丹黄白术，称地元灵丹。内丹各门派，皆推源于伏羲黄帝、王乔、赤松、老子。一派自称传自关尹子(文始真人)，号文始派，由陈抟传火龙真人。另一派依托东华紫府少阳帝君王玄甫(汉代人)，称少阳派，自称由王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾，后开南北宗诸丹派。文始派以虚无为宗，属无上至真之妙道，顿超直入，修性兼修命，乃天元丹法。少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，次第分明，便于人手，流传甚广，故丹家有以文始派最高，以少阳派最大的说法。实际上，这些众多的门派，从丹法上讲，略分两类，其一是阴阳双修的栽接法门，其二是清净孤修的胎息法门，其它不过是清修派和阴阳派的结合体而已。
　　内丹学南宗以张伯端为开山祖师。张伯端，号紫阳真人，天台人，晚年得道，著《悟真篇》，将《周易参同契》的内丹秘诀公诸于世。张伯端传石泰(号杏林)，石泰传薛道光(法号紫贤)，薛道光传陈楠(号翠虚，人称陈泥丸)，陈楠传白玉蟾(号海琼子，封紫清真人)，被后世尊为南宗五祖。张伯端又传马自然、刘奉真等；刘奉真即刘永年，字广益，号顺理子，传丹法于翁葆光，翁葆光又传若一子，为阴阳双修法门。薛道光为修丹功，由僧还俗，所习亦为阴阳法诀。而白玉蟾之丹法则为清修派，门徒甚众，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耙、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较为著名。
　　南宗丹法与北宗相较，在性命双修的前提下较重命功，其丹法先修命后修性，先术后道，形成一套次第分明的人体系统工程。南宗所传阴阳栽接功夫，在炼精化炁一步，主张由彼家身上采取先天一炁之坎中阳爻，和自家离中真阴合而成丹。陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素相、李文烛、彭好古、仇兆鳌、傅金锉等皆主阴阳丹法，尊奉《参同契》和《悟真篇》，遂使阴阳丹法成为南宗特色。
　　北宗创自金代全真教祖王重阳。王重阳名喆，字知明，号重阳

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