历代内丹家多为文化层次较高的知识分子，他们在内丹修炼中创造了丰富的理论。在此，我们概要地阐释内丹学的理论，并予以必要的发展和深化。
　　
　　一、先后天人体三宝说
　　
　　内丹学将精、气、神称作人体的“三宝”，又分为先天和后天。所谓先天，是从自然界和人类社会的初始状态看，那些无形的，自然本能状态的，功能性的，超越时空界限的东西。所谓后天，是指从物质世界和世俗社会的现实状态看，那些有形的，人为的，实体性的，同熵增的物质规律相一致的东西。精、气、神是人体生命要素的三个层次，不仅有先天后天之分，还可以相互转化。后天的精，是指人性交时射出的精液，广义上还包括人体内分泌的多种激素。先天的精，是在无为状态下自然而然本能地产生的，又称元精、真精，主要指人在不受淫心刺激下自发的性功能，广义上还包括内分泌系统、生殖系统、循环系统等派发生命活力的自然功能。后天的气指呼之气；先天的气为元气、真气，写作“炁”(由炼精化而来，是精、气凝炼为一的代号)，指人体生命运动的机能，体现为高度有序的能量流和躯体活力。
　　后天的神为思虑之神，称识神；先天的神称元神(由炼化神而来，是神凝炼的结果)，呈一种极清醒的无思维状态。精、气、神又是修炼内丹的药物。丹道学中的先天、后天学说给现代人工智能的研究确定了一个界限，即后天的意识皆可以用人工智能模拟。而先天的意识是人工智能无法模拟的。后天的世界是“明在系”，人类的理性可以认识；先天的世界是“暗在系”，脱离人们熟知的因果律和时空限制，无法被后天的理性所认识，仅能用先天意识来察知。
　　
　　二、顺则生人逆则成仙的内丹学原理
　　
　　按照道学的宇宙创生演化及人体生成说，宇宙和人体生命的生成皆源于道。道自虚无状态中化生出元始先天一炁(亦称太乙真气)，又从一中产生阴阳二性。由于阴阳二性交会、激荡，产生物质、能量、信息三大元素，再由三元演化成万物纷纭的世界。这就是老子《道德经》“道生一，一生二，二生三，三生万物”的宇宙演化图式，人的生成也和宇宙的创生图式相感应，宇宙中的元始先天太乙真气，在父母阴阳两性交合时被招摄进母腹之中，形成胎元，将性命寓于其中。直到十月期满，胎儿长成，出离母腹，先天祖气断开，后天气生。以后每32个月，生元气64铢，由复卦、临卦、泰卦、大壮卦、至16岁乾卦，得384铢元气，为纯阳之体。其中父母初交，于恍惚之中，合成一，生长出形体未具，神未判，处于混沌状态的胎儿，为人道的“第一变”。由初生儿至16岁少年，阳精成熟将泄，情欲始萌，为人道的“第三变”。而后识神用事，情欲伤身，每96个月，则生一阴，由24岁卦，经32岁遁卦，否卦(40岁)、观卦(48岁)、剥卦(56岁)、至64岁坤卦，元气耗尽。
　　内丹学修炼功夫是一种人体返还工程，即由坤卦返回乾卦的返老还童之术。内丹学的基本原理是认为宇宙演化和人体生命都可以从反的方向上进行反演的思考。顺则生人生物，逆则修炼成仙。内丹家以“三关修炼”阻止人体熵效应，通过“炼精化炁”的初关仙术将精化尽只剩下神，为“三归二”的过程；然后“炼炁化神”的中关仙术为“二归一”的过程；最后“炼神还虚”的上关仙术返还于虚无之道。这样人体沿着逆的方向由“第三变”返到“第二变”，再从“第二变”返到“第一变”，直到虚无之道，内丹就修成了。
　　
　　三、虚无之道和先天一炁说
　　
　　内丹学要追求一种长生不死、永恒不灭的状态，而根据自然抖学定律，凡是产生的东西最终都要灭亡，仅有虚无是不生不灭的。这样，返还虚无之道就成了内丹学追求的目标。《唱道真言》云：“夫道之要，不过一虚，虚含万象。世界有毁，惟虚不毁。道经曰形神俱妙，与道合真。道无他，虚而已矣。形神俱妙者，形神俱虚也。”内丹学认为，在宇宙未创生之前，是一片虚无。当宇宙创生之时，虚无之道化生出元始先天一气(太乙真气)，这种先天一气被认为是宇宙万物运动的一片生机，也是生命运动的源泉。因之，阴阳双修和清净孤修两派丹法都以招摄先天一气为目标。我们推测，先天一气大概是宇宙大爆炸之前的初始信息，是时间和空间还没展开的宇宙本源，是自然界最根本的内在节律。初始的宇宙中隐藏着秩序，存在着产生普适的宇宙节律的信息源。内丹家通过一种将人体节律和宇宙节律调谐的技术，使人体精、气、神等元素充分激发，在量子层次上和自然界的本源相互作用，将这种残留在宇宙中的初始信息招摄到体内。内丹家将人体和大自然的内在节律相调协，使自己的身心与混沌的宇宙融为一体，返回先天的初始状态，才能与宇宙的自然本性契合，进入道的境界。
　　
　　四、意识的三层次说
　　
　　根据我们对内丹学的研究，发现人的意识器官不仅是大脑皮质，还包括丘脑、网状结构，甚至还有心脏等。中国古医学认为，心主神明，肝出谋虑，胆主决断，肾出技巧等都是有根据的。这就是说，思维和情感活动在躯体层次上是以人脑及内脏器官等相互制约的复杂生理系统为基础的。人体的内分泌激素，后天和先天的精、气、神也是一个系统，是可以相互影响，相互转化的。人体生命运动的精、气、神恰好和物理化学运动中的热、力、光三种效应相互对应，它们都是生命运动的存在形式，其中最重要的是神。人的心理也是有结构的，是一种过程的秩序。意识是生命运动的最高形式，它可以凝聚为一种有着超微结构的高度有序的客体。人的心理系统中的意识活动和无意识活动都是人类在进化过程中大自然赋予的重要心理功能，其中无意识活动绝非无足轻重的自然现象，而是一种深层意识，是人类改造自然和社会的重要潜能。意识活动的生理机制主要在大脑额叶，无意识活动的生理机制在大脑的网状结构和丘脑。随着人类的进化，人的大脑皮质日益发达，网状结构的范围相对减小，但网状结构中的核体却日益复杂和分化，人的深层意识也愈加显示出其重要的调节作用。我们可以断定人的意识共分为三个相互联系的层次，即常意识(日常的认知、思维活动)、潜意识(隐藏在心理深层的欲望)和元意识(遗传的本能意识)。常意识是心理表层的理性思维活动，内丹学家称之为“识神”，它包括人们的感知、判断、推理等一系列心理程序。内丹功夫中识神的活动分为正念和邪念(即不利入静的杂念和游思、妄念等)，内丹家要排除邪念，凝聚正念(意守丹田，归根复命之念)，集中人的意念力透入深层意识之中，增强常意识的可控度，使之以意念力的形式得到凝炼和升华。潜意识是一种非理性的意识层次，包括人们平常不易觉察的胎儿、幼年、童年的记忆(特别是心理未成熟时期的刺激)和隐藏的各种人生欲望、心理创作等印痕。日常生活中的重大刺激往往会透过表层常意识在潜意识中留下痕迹。
　　这些潜意识的印痕反过来又在背后强有力地影响着人们表层的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、灵感、直觉、精神等状态中破译出潜意识的原形，内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、幻觉等都是潜意识作怪。内丹功法要净化潜意识，自我清洗自胎儿期以来带人的各种印痕，并通过一定方式(如熟读丹经、牢记师传、背诵口诀、默念咒语、反复训练等)将炼丹的程序编码输入潜意识之中。这种潜意识中的炼丹程序编码就是“真意”，它被称作勾引精、气、神等生命要素相互化合作用的“黄婆”。潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为“阴神”。阴神是人格化了的潜意识，可以如梦中之身般的脱体而出，具有遥感、透视、预知等超常的心灵潜能。人类心理的最深层次是“元意识”，在内丹学中称作“元神”。内丹修炼到元意识时，呈一种极端清醒却毫无意识的状态，这说明元意识比潜意识更深一个层次，相当于佛教唯识学指的阿赖耶识。丹家亦称为宇宙和人体发生之初的“一点灵明”，是一种遗传的本能意识。元意识是人类在漫长的生物进化中遗留在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真正的“自我”，因之丹家称为“主人公”。当迫使识神退位(排除常意识)元神呈现时，便是找到了真正的“自我”，因之内丹学又是一套开发自我、认识自我的过程。元意识在人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为“阳神”。几乎所有的炼丹家都以其亲身经历表明阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，是有形有相的自我，可以脱体存在，具有突破时空障碍的能力。丹家将人的躯体称作“色身”，将阳神称作“法身”，也叫身外之身，出阳神是内丹人体工程的重大目标，也是内丹学研究中最棘手的一项课题。实际上，内丹学是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的系统工程。它只有在自己能够科学了解人的大脑神经的奥秘时，才可能在实证的层面上获得突破性进展。

历代内丹家多为文化层次较高的知识分子，他们在内丹修炼中创造了丰富的理论。在此，我们概要地阐释内丹学的理论，并予以必要的发展和深化。
　　
　　一、先后天人体三宝说
　　
　　内丹学将精、气、神称作人体的“三宝”，又分为先天和后天。所谓先天，是从自然界和人类社会的初始状态看，那些无形的，自然本能状态的，功能性的，超越时空界限的东西。所谓后天，是指从物质世界和世俗社会的现实状态看，那些有形的，人为的，实体性的，同熵增的物质规律相一致的东西。精、气、神是人体生命要素的三个层次，不仅有先天后天之分，还可以相互转化。后天的精，是指人性交时射出的精液，广义上还包括人体内分泌的多种激素。先天的精，是在无为状态下自然而然本能地产生的，又称元精、真精，主要指人在不受淫心刺激下自发的性功能，广义上还包括内分泌系统、生殖系统、循环系统等派发生命活力的自然功能。后天的气指呼之气；先天的气为元气、真气，写作“炁”(由炼精化而来，是精、气凝炼为一的代号)，指人体生命运动的机能，体现为高度有序的能量流和躯体活力。
　　后天的神为思虑之神，称识神；先天的神称元神(由炼化神而来，是神凝炼的结果)，呈一种极清醒的无思维状态。精、气、神又是修炼内丹的药物。丹道学中的先天、后天学说给现代人工智能的研究确定了一个界限，即后天的意识皆可以用人工智能模拟。而先天的意识是人工智能无法模拟的。后天的世界是“明在系”，人类的理性可以认识；先天的世界是“暗在系”，脱离人们熟知的因果律和时空限制，无法被后天的理性所认识，仅能用先天意识来察知。
　　
　　二、顺则生人逆则成仙的内丹学原理
　　
　　按照道学的宇宙创生演化及人体生成说，宇宙和人体生命的生成皆源于道。道自虚无状态中化生出元始先天一炁(亦称太乙真气)，又从一中产生阴阳二性。由于阴阳二性交会、激荡，产生物质、能量、信息三大元素，再由三元演化成万物纷纭的世界。这就是老子《道德经》“道生一，一生二，二生三，三生万物”的宇宙演化图式，人的生成也和宇宙的创生图式相感应，宇宙中的元始先天太乙真气，在父母阴阳两性交合时被招摄进母腹之中，形成胎元，将性命寓于其中。直到十月期满，胎儿长成，出离母腹，先天祖气断开，后天气生。以后每32个月，生元气64铢，由复卦、临卦、泰卦、大壮卦、至16岁乾卦，得384铢元气，为纯阳之体。其中父母初交，于恍惚之中，合成一，生长出形体未具，神未判，处于混沌状态的胎儿，为人道的“第一变”。由初生儿至16岁少年，阳精成熟将泄，情欲始萌，为人道的“第三变”。而后识神用事，情欲伤身，每96个月，则生一阴，由24岁卦，经32岁遁卦，否卦(40岁)、观卦(48岁)、剥卦(56岁)、至64岁坤卦，元气耗尽。
　　内丹学修炼功夫是一种人体返还工程，即由坤卦返回乾卦的返老还童之术。内丹学的基本原理是认为宇宙演化和人体生命都可以从反的方向上进行反演的思考。顺则生人生物，逆则修炼成仙。内丹家以“三关修炼”阻止人体熵效应，通过“炼精化炁”的初关仙术将精化尽只剩下神，为“三归二”的过程；然后“炼炁化神”的中关仙术为“二归一”的过程；最后“炼神还虚”的上关仙术返还于虚无之道。这样人体沿着逆的方向由“第三变”返到“第二变”，再从“第二变”返到“第一变”，直到虚无之道，内丹就修成了。
　　
　　三、虚无之道和先天一炁说
　　
　　内丹学要追求一种长生不死、永恒不灭的状态，而根据自然抖学定律，凡是产生的东西最终都要灭亡，仅有虚无是不生不灭的。这样，返还虚无之道就成了内丹学追求的目标。《唱道真言》云：“夫道之要，不过一虚，虚含万象。世界有毁，惟虚不毁。道经曰形神俱妙，与道合真。道无他，虚而已矣。形神俱妙者，形神俱虚也。”内丹学认为，在宇宙未创生之前，是一片虚无。当宇宙创生之时，虚无之道化生出元始先天一气(太乙真气)，这种先天一气被认为是宇宙万物运动的一片生机，也是生命运动的源泉。因之，阴阳双修和清净孤修两派丹法都以招摄先天一气为目标。我们推测，先天一气大概是宇宙大爆炸之前的初始信息，是时间和空间还没展开的宇宙本源，是自然界最根本的内在节律。初始的宇宙中隐藏着秩序，存在着产生普适的宇宙节律的信息源。内丹家通过一种将人体节律和宇宙节律调谐的技术，使人体精、气、神等元素充分激发，在量子层次上和自然界的本源相互作用，将这种残留在宇宙中的初始信息招摄到体内。内丹家将人体和大自然的内在节律相调协，使自己的身心与混沌的宇宙融为一体，返回先天的初始状态，才能与宇宙的自然本性契合，进入道的境界。
　　
　　四、意识的三层次说
　　
　　根据我们对内丹学的研究，发现人的意识器官不仅是大脑皮质，还包括丘脑、网状结构，甚至还有心脏等。中国古医学认为，心主神明，肝出谋虑，胆主决断，肾出技巧等都是有根据的。这就是说，思维和情感活动在躯体层次上是以人脑及内脏器官等相互制约的复杂生理系统为基础的。人体的内分泌激素，后天和先天的精、气、神也是一个系统，是可以相互影响，相互转化的。人体生命运动的精、气、神恰好和物理化学运动中的热、力、光三种效应相互对应，它们都是生命运动的存在形式，其中最重要的是神。人的心理也是有结构的，是一种过程的秩序。意识是生命运动的最高形式，它可以凝聚为一种有着超微结构的高度有序的客体。人的心理系统中的意识活动和无意识活动都是人类在进化过程中大自然赋予的重要心理功能，其中无意识活动绝非无足轻重的自然现象，而是一种深层意识，是人类改造自然和社会的重要潜能。意识活动的生理机制主要在大脑额叶，无意识活动的生理机制在大脑的网状结构和丘脑。随着人类的进化，人的大脑皮质日益发达，网状结构的范围相对减小，但网状结构中的核体却日益复杂和分化，人的深层意识也愈加显示出其重要的调节作用。我们可以断定人的意识共分为三个相互联系的层次，即常意识(日常的认知、思维活动)、潜意识(隐藏在心理深层的欲望)和元意识(遗传的本能意识)。常意识是心理表层的理性思维活动，内丹学家称之为“识神”，它包括人们的感知、判断、推理等一系列心理程序。内丹功夫中识神的活动分为正念和邪念(即不利入静的杂念和游思、妄念等)，内丹家要排除邪念，凝聚正念(意守丹田，归根复命之念)，集中人的意念力透入深层意识之中，增强常意识的可控度，使之以意念力的形式得到凝炼和升华。潜意识是一种非理性的意识层次，包括人们平常不易觉察的胎儿、幼年、童年的记忆(特别是心理未成熟时期的刺激)和隐藏的各种人生欲望、心理创作等印痕。日常生活中的重大刺激往往会透过表层常意识在潜意识中留下痕迹。
　　这些潜意识的印痕反过来又在背后强有力地影响着人们表层的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、灵感、直觉、精神等状态中破译出潜意识的原形，内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、幻觉等都是潜意识作怪。内丹功法要净化潜意识，自我清洗自胎儿期以来带人的各种印痕，并通过一定方式(如熟读丹经、牢记师传、背诵口诀、默念咒语、反复训练等)将炼丹的程序编码输入潜意识之中。这种潜意识中的炼丹程序编码就是“真意”，它被称作勾引精、气、神等生命要素相互化合作用的“黄婆”。潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为“阴神”。阴神是人格化了的潜意识，可以如梦中之身般的脱体而出，具有遥感、透视、预知等超常的心灵潜能。人类心理的最深层次是“元意识”，在内丹学中称作“元神”。内丹修炼到元意识时，呈一种极端清醒却毫无意识的状态，这说明元意识比潜意识更深一个层次，相当于佛教唯识学指的阿赖耶识。丹家亦称为宇宙和人体发生之初的“一点灵明”，是一种遗传的本能意识。元意识是人类在漫长的生物进化中遗留在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真正的“自我”，因之丹家称为“主人公”。当迫使识神退位(排除常意识)元神呈现时，便是找到了真正的“自我”，因之内丹学又是一套开发自我、认识自我的过程。元意识在人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为“阳神”。几乎所有的炼丹家都以其亲身经历表明阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，是有形有相的自我，可以脱体存在，具有突破时空障碍的能力。丹家将人的躯体称作“色身”，将阳神称作“法身”，也叫身外之身，出阳神是内丹人体工程的重大目标，也是内丹学研究中最棘手的一项课题。实际上，内丹学是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的系统工程。它只有在自己能够科学了解人的大脑神经的奥秘时，才可能在实证的层面上获得突破性进展。